Werke von Thomas Judisch befinden sich in der Sammlung zeitgenössischer Kunst der Bundesrepublik Deutschland sowie der Sammlung des Kunstfonds des Freistaates Sachsen, der Ostsächsischen Sparkassen, der Sparkassen-Stiftung Schleswig-Holstein und in Museen u. a. dem Museum Kunst der Westküste auf Föhr, dem Woods Art Institute in Wentorf bei Hamburg, Schloss Gottorf und Schloss Eutin, der Städtischen Galerie, Dresden, der Stadtgalerie Kiel und der Gerisch-Stiftung in Neumünster.